生态环保厕所的出现时厕所发展史的必然结果。传统的厕所每次使用需要消耗大量宝贵的水资源，排放大量污水，并且要定期清理，集中处理污泥，消耗大量人力物力，对环境造成很大的污染。而生态环保厕所不仅节约了水资源，且突破了传统的概念，采用微生物基因技术，开发出了创新一代的环保无污染生态厕所。
生态环保厕所是自身具备良性循环的厕所。生态环保厕所一般具有生态建筑的三个特点：一是地下要设有沼气净化池，而不是普通的沼气池，这是一个核心设施；二是屋顶要覆土或设置太阳能利用装置；三是墙体要垂直绿化，这样，经过多年后，生态环保厕所就成为一个绿色的生态建筑。生态环保厕所的类型主要有园林式、综合式、棚架式、普通式和风景游览区式等。
生态厕所主要是使用微生物进行分解，行业专家介绍，微生物主要可以分为以下两类：厌氧型。厌氧型生态厕所的核心部件是一个装填料的生物反应器。生物降解菌对粪便具有高效降解作用，同时反应过程产生的温度可以杀灭各种病原菌。粪便发酵后变成腐殖质有机肥，这种肥料可以直接利用。由于主要采用厌氧发酵，产生的腐胺、尸胺及硫化氢等致臭物质较多，故臭气污染较为严重。
好氧型。好氧型生态厕所的核心技术是其将生物降解菌剂与生物反应器二者有效地结合，即在反应器内预先装入生物填料，在一定的温度下通过高效微生物充分降解粪便，同时将排泄物转化成有机肥料。
生态环保厕所还可进一步拓宽应用领域，如家用免水生态环保厕所、汽车用免水生态环保厕所、列车用免水生态环保厕所、船舶舰艇用免水生态环保厕所等等。生态环保厕所的研究成果将来也可应用于畜牧业的粪尿无害化处理，生态环保厕所具有巨大的应用空间。
